本所依據「行政院環境保護署環境保護人員訓練所組織條例」規定，掌理：環境教育人員、環境影響評估人員、公害防治人員、環境檢驗監測人員、公害糾紛處理人員、其他經行政院環境保護署指定辦理有關環境保護人員及其他受有關機關或團體委託辦理環境保護人員訓練計畫之研擬及執行事項。

本所現有預算員額為31人，分教務組、輔導組、研究設計組與總務組等4業務組，並設人事管理員與主計員，組織架構如下：