環境檢驗向為環境保護工作重要之一環，舉凡環保法規標準制訂、環境影響評估調查、環境品質監測、公害污染防治及公害稽查管制等，均需要準確精密之檢測數據品質為依據。為提升環境檢測水準，確保檢測數據之公信力，本所於79年1月10日正式成立，對環境保護整體工作之推動，具有深遠意義及助益。其成立宗旨，為統籌規劃辦理全國環境檢驗事宜，訂定環境檢測標準方法，提升環境檢測技術能力，確保全國環境檢測數據品質，管理公民營環境檢驗測定機構，輔導並支援各級環保機關環境檢測之需求。