本所依據行政院施政方針，配合中程施政計畫及核定預算額度，並針對當前社會狀況及本所未來發展需要，編定施政計畫，其目標如次：

（一）管理及輔導環境檢測機構，提昇全國環境檢驗數據水準。

（二）推動環境檢驗業務及檢測機構管理資訊化。

（三）建立各級環保機關檢驗室分工機制，有效執行環境污染檢測。

（一）建立高效率環境檢測能量，配合環保署政策及業務需求，執行環境檢測。

（二）因應緊急案件，啟動環境檢驗應變體系，提供及時檢測支援。

（一）推動環境檢測品保品管制度，繼續參與國際檢測認證，俾建立環境檢測公信力。

（二）提高環境檢測研發能力，推動與國內外學術單位共同合作研究。