環境資源部依行政院105年2月規劃之氣水土林整合版本，整合本署、經濟部［水利署水資源管理、保護及保育業務、礦務局（含礦業司）、中央地質調查所］、交通部（中央氣象局）、行政院農業委員會（林務局、水土保持局、林業試驗所集水區經營及保育業務、特有生物研究保育中心）及國軍退除役官兵輔導委員會（榮民森林保育事業處）等5個部會相關業務，並設置6個三級行政機關（中央氣象署、水資源保育署、森林及自然保育署、水土保持及地質礦產署、毒物及化學物質署、環境管理局）、1個三級機構（生物多樣性及森林保育研究所）。

環境資源部暨所屬機關（構）組織法草案業經行政院於107年5月3日函送大院審查，配合屆期不續審，已原案退回行政院。未來配合行政院人事行政總處整體規劃進行研議。