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本署主要設置下列各處、室：
一、綜合計畫處。
二、空氣品質保護及噪音管制處。
三、水質保護處。
四、廢棄物管理處。
五、環境衛生及毒物管理處。
六、管制考核及糾紛處理處。
七、環境監測及資訊處。
八、秘書室。

綜合計畫處掌理下列事項：
一、關於環境保護政策、方案、法規之研訂、策劃及推動事項。
二、關於年度施政計畫及報告之彙編事項。
三、關於自然保育之規劃、聯繫、推動及協調事項。
四、關於環境影響評估制度之策劃、推動、輔導、監督及評估報告之審核事項。
五、關於環境保護之研究發展事項。
六、關於環境保護年鑑、年報之彙編事項。
七、關於環境保護人員之培訓事項。
八、關於環境保護之教育及宣導事項。
九、關於國際合作之策劃、推動及協調事項。
十、關於環境保護團體與事業之聯繫、監督及輔助事項。
十一、關於其他綜合性環境保護計畫事項。

空氣品質保護及噪音管制處掌理下列事項：
一、關於空氣品質保護及噪音、振動管制之政策、法規之研訂事項。
二、關於噪音、振動管制之策劃、指導及監督事項。
三、關於惡臭及固定污染源空氣污染防治之策劃、指導及監督事項。
四、關於交通工具空氣污染防治之策劃、指導及監督事項。
五、關於非屬原子能游離輻射污染之輻射污染防治之策劃、指導及監督事項。
六、關於其他空氣品質保護及噪音、振動管制事項。

水質保護處掌理下列事項：
一、關於水質保護政策及法規之研訂事項。
二、關於廢水、污水排放、管制之策劃、指導及監督事項。
三、關於地面水、地下水、地盤下陷污染防治之策劃、指導及監督事項。
四、關於海洋污染防治之策劃、指導、監督或執行事項。
五、關於污水放流海洋之指導及監督事項。
六、關於其他水質保護事項。

廢棄物管理處掌理下列事項：
一、關於廢棄物管理與土壤污染防治政策及法規之研訂事項。
二、關於一般廢棄物管理與土壤污染防治之策劃、指導及監督事項。
三、關於事業廢棄物管理之策劃、指導及監督事項。
四、關於廢棄物投棄海洋之管制事項。
五、關於其他廢棄物管理及土壤污染防治事項。

環境衛生及毒物管理處掌理下列事項：
一、關於環境衛生管理政策及法規之研訂事項。
二、關於環境衛生管理之策劃、指導及監督事項。
三、關於天然災害環境污染防治之策劃、指導及監督事項。
四、關於毒性化學物質管理政策、法規之研訂及毒性化學物質之管制事項。
五、關於環境毒物之研究及調查事項。
六、關於環境衛生用藥及環境衛生用生物製劑之管制事項。
七、關於其他環境衛生及毒性化學物質管理事項。

管制考核及糾紛處理處掌理下列事項：
一、關於環境保護事務之經常調查及報告事項。
二、關於直轄市、縣（市）執行環境保護事務之考核事項。
三、關於環境保護糾紛事件鑑定、處理之法規研訂事項。
四、關於重大環境保護糾紛事件之協助鑑定、處理及申訴事項。
五、關於環境保護事件處理之追蹤、考核事項。
六、關於環境污染源管制之復查事項。
七、關於其他環境保護事務之執行、考核及糾紛處理事項。

環境監測及資訊處掌理下列事項：
一、關於環境品質監測之策劃、指導及監督事項。
二、關於環境保護資訊系統之策劃、運用、審查及考核事項。
三、關於環境品質監測系統之操作及維護事項。
四、關於環境品質監測資料之分析、處理、判定、公告、保管及運用事項。
五、關於環境品質警報發布之指導及監督事項。
六、關於其他環境保護監測及資訊事項。

秘書室掌理下列事項：
一、關於文書之收發、繕校及保管事項。
二、關於印信之典守事項。
三、關於經費之出納及保管事項。
四、關於財產及物品之保管事項。
五、關於事務及其他不屬各處、室事項。